Khu Công nghiệp Sông Hậu được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận bổ sung vào quy hoạch phát triển các khu công nghiệp Việt Nam theo Quyết định số 1107/QĐ-TTg ngày 21/08/2006, với quy mô quy hoạch ban đầu khoảng 60 ha. Đến ngày 13/10/2008, Ban Quản lý các KCN tỉnh Đồng Tháp đã cấp Giấy chứng nhận đầu tư số 51221000039 cho Công ty Cổ phần DOCIMEXCO (tiền thân là doanh nghiệp nhà nước – Công ty Thương nghiệp Xuất nhập khẩu Tổng hợp Đồng Tháp) làm chủ đầu tư dự án.

Sau đó, Khu Công nghiệp Sông Hậu chính thức được thành lập theo Quyết định số 252/QĐ-UBND.HC ngày 10/03/2009 của UBND tỉnh Đồng Tháp, với tổng diện tích 66,336 ha (trong đó diện tích đất công nghiệp là 63,3 ha), tổng vốn đầu tư đạt 132,587 tỷ đồng và thời hạn hoạt động kéo dài 50 năm.

Khu Công nghiệp Sông Hậu được quy hoạch nhằm thu hút các dự án thuộc nhiều lĩnh vực như: chế biến nông – thủy sản xuất khẩu; sản xuất thức ăn chăn nuôi; chế biến thực phẩm; cơ khí phục vụ nông nghiệp; sản xuất vật liệu xây dựng; chế biến lương thực, dược phẩm; may mặc và các ngành công nghiệp khác.